Masjid Agung Al Azhar memiliki struktur organisasi yang terdiri dari berbagai unsur kepengurusan guna memastikan kelancaran operasional dan kegiatan keagamaan yang dijalankan. Berikut adalah struktur organisasi Masjid Agung Al Azhar:
1. Takmir Masjid Agung Al Azhar
- Ketua: Dr. KH. Zahrudin Sultoni, M.A.
- Sekretaris: H. Ali Mashar, M.Pd.
- Anggota:
- Drs. H. Tatang Komara, M.A.
- H. Abu Hurairah, M.Pd.
- Dr. H. Yusup Hidayat, M.H.
2. Kepala Kantor
- Drs. H. Tatang Komara, M.A.
3. Staf Kantor
- Tubagus Sumtana
- Donarsi Yosianto
- Agus Soni Setiawan
- Acum Maulana
- Khairul Basar
Struktur organisasi ini berfungsi untuk memastikan bahwa Masjid Agung Al Azhar dapat menjalankan fungsinya dengan baik sebagai pusat ibadah, dakwah, dan kegiatan sosial kemasyarakatan.